Des procédures visant à délivrer un agrément ou une habilitation, forme de relation privilégiée entre l’administration et une association existent dans différents ministères. Ce principe ne résulte pas d’un texte législatif général, mais de textes, législatifs ou réglementaires particuliers.
Si les 3 catégories d’associations prévues par la loi du 1er juillet 1901 (associations de fait, associations déclarées, associations reconnues d’utilité publique) s’appliquent aux associations quel que soit leur domaine d’intervention, l’agrément, au contraire, introduit une classification sectorielle, consacrant officiellement la relation entre associations et pouvoirs publics dans des domaines relevant de compétences particulières des différents départements ministériels concernés.
De nombreux ministères utilisent la procédure de l’agrément. L’agrément "jeunesse et éducation populaire" est le plus ancien, puisque c’est une Ordonnance du 2 octobre 1943, rendue applicable par l’Ordonnance du 9 août 1944, qui fait référence à cette procédure (en l’espèce, il s’agissait de réserver aux associations agréées le bénéfice éventuel de subventions).
Une association de protection de l’environnement peut être agréée si elle remplit certaines conditions. Elle dispose alors de prérogatives particulières : participation aux instances consultatives ayant vocation à examiner les politiques d’environnement et de développement durable, possibilité de mener des actions en justice. Elle est tenue de transmettre chaque année à l’autorité qui a accordé l’agrément un ensemble de documents qui rendent compte de son activité.
L’agrément constitue une forme de relation privilégiée qu’un ministère entretient avec une association. En contrepartie, l’administration dispose d’un droit de regard sur les activités de l’association. Son octroi relève toujours du pouvoir discrétionnaire de l’État.